حسین محمدی

هدف: کل شیر تولیدی و تداوم شیردهی از مهمترین صفات اقتصادی در صنعت پرورش گوسفند می‌­باشد. تداوم شیردهی بصورت توانایی حیوان جهت نگهداشتن تولید در سطح بالا بعد از اوج تولید تعریف می‌­گردد. از طرف دیگر، شناسایی نشانه‌­های انتخاب می‌­تواند دیدگاه‌­های ارزشمندی در مورد مناطق ژنومی که تحت انتخاب مثبت هستند فراهم کند. هدف از این مطالعه، شناسایی مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت و ژن‌های کاندیدای مرتبط با صفات تولید و تداوم شیردهی در نژادهای گوسفند شیری و غیر شیری از طریق روش‌‌های شناسایی ردپای انتخاب بود. مواد و روش‌ها: در این پژوهش از اطلاعات ژنوتیپی گوسفندان غیر خویشاوند مربوط به گوسفندان نژادهای زندی (96 رأس)، کایاس (317 رأس) و وال دِل بیلس (481 رأس) تعیین ژنوتیپ شده توسط آرایه­های50K شرکت ایلومینا استفاده شد. پس از کنترل کیفیت داده­های اولیه تعیین ژنوتیپ شده در برنامه PLINK نهایتاً 36605 نشانگر SNP و 880 رأس دام وارد آنالیزهای بعدی شدند. برای شناسایی نواحی ژنومی تحت انتخاب از آزمون آماری برآوردگر نااریب FST (تتا) با کد نویسی در برنامه R استفاده شد. ژن‌‌های کاندیدا با استفاده از SNP­هایی که در بازه‌ی 1/0 درصد ارزش بالای این آزمون واقع‌ شده بودند، شناسایی شدند. همچنین برای تفسیر بهتر عملکرد ژن­های به دست آمده از پایگاه­های اطلاعاتی آنلاینGeneCards و UniProtKB استفاده شد. نتایج: نتایج حاصل از آماره تتا در این پژوهش منجر به شناسایی ده منطقه ژنومی روی کروموزوم­های 1، 2، 4، 6، 8، 9، 11، 13، 17 و 20 بودند و در صدک 9/99 کل ارزش‌­های تتا قرار داشتند. ژن­‌های کاندیدای شناسایی شده مرتبط با صفات تولید و تداوم شیردهی در این مناطق ژنومی شامل ژن­‌های FAIM، CEP70، TLR4، SLC37A3 ، KDM7A، HERC6، NT5DC1، SPIDR، SMOX و RNF144B بودند. آنالیز بیوانفورماتیکی نشان داد که مناطق ژنومی شناسایی شده با ژن‌­های مؤثر بر در تولید شیر، سنتز و تولید چربی شیر، تداوم شیردهی، پاسخ التهابی و سیستم ایمنی بدن همپوشانی دارند. همچنین نتایج حاصل از بررسی QTL نشان داد مناطق ژنومی شناسایی شده با صفات عملکرد تولید، درصد چربی شیر، ترکیب اسیدهای چرب شیر و تداوم شیردهی در مطالعات پیشین همپوشانی دارند. نتیجه‌گیری: ژن­های متعددی که در نواحی شناسایی شده بر اساس عملکرد می­توانند بعنوان کاندیداهای تحت انتخاب مطرح باشند. به هر حال بررسی بیشتر ژن­های مرتبط با مناطق ژنومی بدست آمده از مطالعات جستجوی پویش ژنومی ضروری است. نتایج این تحقیق می­تواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل کننده صفات تولید شیر با هدف افزایش تولید شیر سالانه از طریق تداوم شیردهی بعد اوج شیردهی در طی یک دوره مورد استفاده قرار گیرد.