فلسفۀ استقلال دانشگاه پایش درونی است. اگرچه استقلال دانشگاههای ایران بهرسمیت شناخته شده است، اما در دهۀ گذشته تمایل فزایندهای از سوی شورای عالی انقلاب فرهنگی برای منع ورود مراجع قضایی به دعاوی دانشگاهی مشاهده میشود. ورود شورای عالی انقلاب فرهنگی به موضوعاتی از قبیل تحدید صلاحیت دیوان عدالت اداری و سایر مراجع قضایی میتواند نظم حقوقی دادگاهها را در ابتداییترین و در عین حال، مهمترین موضوع یعنی «صلاحیت» مختل نماید. این اقدام دخالت در وظایف مجلس شورای اسلامی است و شورای عالی انقلاب فرهنگی را همردیف با مجلس قرار میدهد. هیئت عالی تجدیدنظر دو وزارتخانۀ علوم و بهداشت و و نیز دانشگاه آزاد که در سال 1387 با مصوبۀ 630 این شورا تأسیس شد و صلاحیتش اخیراً بهموجب مصوبۀ تجمیعی- تکمیلی در جلسۀ شمارۀ 893 گسترش یافته است، نمیتواند صلاحیت مراجع قضایی را تحدید کند. ایجاد هیئتی از بطن دانشگاه برای رسیدگی به مرافعات واجد ویژگی علمی دانشگاهیان، ایدۀ بسیار مطلوبی است که در حقوق امریکا نیز با دکترین امتناع آکادمیک پایهگذاری شد، ولی هیئت عالی تجدیدنظر دو وزارتخانۀ نامبرده و دانشگاه آزاد در حال حاضر ماهیت و خصوصیات مراجع شبهقضایی را ندارد. انتقاداتی که به هیئت عالی وارد شده به نحوۀ ورود آن به مراجع شبهقضایی ایران است. در حقوق امریکا دادگاهها تلاش میکنند تا تعادلی بین استقلال دانشگاه و قوانین ضدتبعیض برقرار کنند. آنها به تخصص دانشگاهیان در امور علمی، آموزشی و پژوهشی احترام میگذارند، اما در عین حال، سوءاستفاده از قدرت و تبعیض را تحمل نمیکنند. دادگاهها در صورت سوءاستفاده از اختیارات یا اقدام خودسرانۀ مقامات دانشگاهی مداخله میکنند.
