امیر حسین خلت آبادی فراهانی

در گله­های اردک همچون سایر گونه‌‌های دامی، شناسایی مناطق ژنومی مؤثر بر صفات مهم اقتصادی امری ضروری محسوب می­شود. در این راستا، هدف از پژوهش حاضر، برآورد میزان ضریب هم‌خونی ژنومی و تجزیه و تحلیل عملکردی مناطق ژنومی کاندیدای مرتبط با تعداد تخم در اردک می­باشد. در مجموع، از اطلاعات انفرادی ژنومی 630 اردک که به‌وسیله پلتفرم DNBSEQ-T7 توالی­یابی شده بودند، استفاده گردید. تخمین ضریب هم‌خونی، از طریق الگوی هموزیگوت ژنومی با برنامه PLINK محاسبه شد. به‌عنوان پیش‌فرض، یک درصد از نشانگرهای SNP با بالاترین فراوانی در قطعات هموزیگوت به‌عنوان جزایر ROH در نظر گرفته شدند. در نهایت، آنالیز غنی­سازی مجموعه­های ژنی با استفاده از برنامه آنلاین DAVID انجام شد. نتایج این مطالعه نشان داد که میزان ضریب هم‌خونی محاسبه‌شده با الگوی هموزیگوسیتی 204/0 در اردک‌های پیکین می‌باشد. میانگین تعداد و طول ROH محاسبه‌شده در اردک‌ها برابر با 141 و 52/1 مگاجفت‌باز نوکلئوتیدی در هر پرنده بود. همچنین، مجموع 91 جزیره ROH با طول 60/1 تا 13 مگاباز شناسایی شد. توزیع جزایر ROH در سرتاسر ژنوم یکنواخت نبود، به‌طوری‌که بیشترین و کمترین تعداد جزایر ROH به‌ترتیب روی کروموزوم­های شماره 1 و 31 مشاهده شدند. در تفسیر مجموعه­های ژنی، تعداد 10 مسیر هستی‌شناسی ژنی و بیوشیمیایی شناسایی شد. بررسی ژن­های گزارش‌شده در این مناطق نشان داد که ژن­های COL1A2، FCHSD2،DAZAP1 و NSG1 عملکرد‌های مهمی را در ارتباط با فرآیند تخمک­اندازی، تشکیل پوسته تخم و فسفریله کردن گلیکوپروتئین­ها بر عهده دارند. ژن­های متعددی که در نواحی شناسایی‌شده براساس عملکرد می­توانند به‌عنوان کاندیداهای تحت انتخاب مطرح باشند. به هر حال، بررسی بیشتر ژن­های مرتبط با مناطق ژنومی به‌دست‌آمده از مطالعات جستجوی پویش کل ژنومی ضروری است. استفاده از یافته­های این تحقیق می­تواند در درک ساز‌و‌کار ژنتیکی کنترل‌کننده صفت تعداد تخم تولیدی مورد استفاده قرار گیرد، به‌طوری‌که در انتخاب ژنتیکی اردک از طریق پرندگان برتر، باعث تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامه­های اصلاح نژادی شود.